O IPPDH está integrado pelo Conselho de Representantes Governamentais e a Secretaria Executiva, com seus cinco departamentos.
O Conselho de Representantes Governamentais é o órgão diretor do Instituto. Está integrado por um representante governamental e um suplente de cada Estado Parte, designados para tal fim pela Reunião de Altas Autoridades de Direitos Humanos do MERCOSUL (RAADH).
Os departamentos são instâncias de apoio à gestão institucional, e cada um deles está a cargo de um Chefe, responsável perante o Secretário Executivo.