Las alianzas y vínculos institucionales son establecidos a partir de los trabajos de asistencia técnica; la provisión de espacios de reflexión, el diálogo e intercambio de información; la realización de actividades de capacitación e investigaciones y el establecimiento de proyectos conjuntos. Las contrapartes institucionales del IPPDH son organizaciones públicas o sociales que se encuentran relacionadas, directa o indirectamente, con la protección y promoción de los derechos humanos y/o la formación de políticas públicas al respecto, en el marco del proceso de integración regional del MERCOSUR.